քիլիսար состоит из двух частей: քիլի + սար.
Первая часть, քիլի-, предположительно связана с представлением о тонком, длинном, заострённом предмете и, по одной гипотезе, может восходить к местной тюркской основе типа qıl / kıl — «волос, тонкая нить, тонкий длинный предмет».
Вторая часть, -սար, — исконно армянская и означает «гора, вершина, то, что поднимается вверх».
По этой гипотезе, слово քիլիսար можно понимать как образное обозначение длинной тонкой палки или шеста, торчащего вверх.